KLASIFIKASI
TAKSONOMI
KUMAN

Sistim klasifikasi dan determinasi kuman yang menggambarkan sifat-sifat kuman secara terperinci ada pada buku “Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology” (edisi 8, 1974).

Seluruh kegiatan pengklasifikasian, penamaan, dan pengidentifikasian kuman disebut “Sistematika Mikroba” yang meliputi :
Taksonomi/klasifikasi
penataan sistematik organisme ke dalam
kelompok atau kategori taksa (takson:tunggal).
2. Nomenklatur
penamaan satuan-satuan berdasarkan
cirikhasnya
3. Identifikasi
penggunaan kriteria yang ditetapkan untuk
menentukan klasifikasi dengan pencirian dan
deskripsi yang sudah dikenal.


Kategori taksonomi
Kingdom/dunia : seluruh organisme di
dalam hierarki ini.
2. Filum/divisi : sekelompok kelas yang
berkerabat
3. Kelas : sekelompok ordo yang serupa
4. Ordo : sekelompok famili yang serupa
5. Famili : sekelompok genus yang serupa
6. Genus : sekelompok spesies yang serupa
7. Spesies : sekelompok organisme berkerabat
dekat yang individu-individunya di
dalam kelompok tersebut sebagian
besar ciri-cirinya serupa.

Contoh klasifikasi prokariota uniseluler
Kingdom : Procaryotae
Phylum : Bacteria
Class : Schizomycetes
Order : Actinomycetales
Family : Mycobacteriaceae
Genus : Mycobacterium
Species : Mycobacterium
tuberculosis


Nomenklatur sistim biner
Linnaeus (1753)
menggunakan dua kata Latin genus dan spesies (epitheton specificum)
 nama genus diawali huruf besar
 nama spesies selalu dengan huruf kecil
 selalu dicetak miring
 atau “digaris bawah secara terpisah”

Nama kuman dapat berasal dari kata baru atau nama penyelidik / penemu yang disesuaikan dalam bahasa Latin/dilatinkan
(nama ilmiah)
Contoh : Bacillus : batangMicrococcus : butir kecilClostridium : pintalan halusClostridium welchii : ditemukan oleh Welch Pasteurella : dari nama PasteurErwinia : dari nama ErwinSalmonella : dari nama Salmon

Contoh :
Salmonella typhi : merupakan penyebab
tifoid
Salmonella pullorum : ditemukan pada
ayam
Brucella : dari nama Bruce
Brucella abortus : penyebab abortus
pada ternak
Hemophilus influenzae : pertama kali
diisolasi dari
penderita influenza.

Nama kuman disebut sehari-hari (nama umum), contoh :
Gonokokus / go : Neisseria gonorrhoeae
Pneumokokus : Streptococcus pneumoniae
Sifilis : Treponemma pallidum
Hansen : Mycobacterium leprae
Koch / tbc : Mycobacterium tuberculosis.

Keuntungan penggunaan nama umum
antara lain memudahkan/efektif dalam
komunikasi antara dokter dengan
pasien.

Spesies adalah suatu jenis mikroorganisme tertentu dan sudah ditentukan berdasarkan :
1. Sifat struktural
bentuk, ukuran, pergerakan, reaksi terhadap pewarnaan, pertumbuhan koloni (disebut klasifikasi morfologis)
contoh : kokus, basil, vibrio,
spirillum, spiroketa

2. Sifat fisiologi
 terhadap oksigen, suhu, pH, respon terhadap obat antibakteri, sifat imunologi, sifat ekologi
( klasifikasi biologis )

3. Sifat biokimia
kebutuhan nutrien,
produk metabolisme,
komponen sel
( klasifikasi biokimiawi )
4. Sifat genetik
komponen basa DNA
( klasifikasi genetik )

· Strain / galur :
biakan murni kuman terdiri atas kelompok kuman satu keturunan (satu isolat),
misal “Staphylococcus aureus strain Oxford” merupakan kuman standar untuk keperluan di laboratorium.
Biotip/biovar : strain terpilih/terbaik untuk mewakili suatu spesies
Serotip/serocar, pathotip/pathovar, morphotip/morphovar, fagotip/ phagovar.
Taksonomi numerik, menggambarkan persamaan, kemiripan, dan perbedaan karakteristik kuman.
 menemtukan derajat hubungan antara jenis-jenis kuman menggunakan koefisien statistik
 sifat-sifat yang sama atau berbeda menyumbangkan data yang sama pentingnya
  derajat kesamaan strain A dibandingkan dengan strain B dinyatakan dengan indeks kesamaan.

Ns
S = -------------- x 100 %
Ns – Nd

S : indeks kesamaan
Ns : jumlah sifat yang sama
Nd : jumlah perbedaan
yang bisa diamati

a a + d Sj = ------------ Ssm = -------------- a+b+c a+b+c+d
Sj : jaccard similarity coefficient, menyatakan sifat-sifat
positif saja
Ssm : simple matching coefficient, menyatakan sifat-sifat
positif dan negatif
a : jumlah sifat yg ada pada kedua strain
b : jumlah sifat yg ada pada strain pertama
c : jumlah sifat yg ada pada strain kedua
d : jumlah sifat-sifat yg tidak ada pada kedua strain.


Keuntungan taksonomi numerik

obyektif,
prasangka bias/ subyektif taksonomiwan tidak terbawa dalam prosedur,
serta hasil penemuan dapat diulang dengan prosedur dan data yang sama akan diperoleh hasil yang sama pula.

Taksonomi genetik : untuk memperoleh informasi hubungan kekerabatan organisme satu dengan yang lain pada tingkat genetik, berdasarkan :
- komposisi basa DNA
- homologi sekuens DNA, rRNA
- pola metabolisme stabil yang dikontrol gen
- polimer-polimer pada sel
- struktur organel dan pola regulasinya

Contoh kekerabatan berdasarkan homologi asam nukleat (homologi sekuens DNA)
G + C
% G + C = ---------------------
G + C + A + T

G : guanin A : adenin
C : sitosin T : timin


Identifikasi kuman cara cepat
3. 1. CIE : countercurrent immunoelectrophoresis,
unsur-unsur khas kuman dideteksi
dalam beberapa menit saja.
2. GLC : gas liquid chromatography, deteksi
produk-produk metabolis me tertentu.
3. Mikrokolorimetri : dengan menghitung
pelepasan panas yang terjadi untuk
menghitung jumlah kuman cara cepat dalam
bahan cair misal air kemih.
4. Biometri luminesen
 untuk menghitung adenin trifosfat
kuman. Sejumlah tertentu cairan yang diperiksa dicampur sediaan baku lusiferasa
(sistim cahaya api dari serangga),
maka kekuatan cahaya yang dipancarkan diukur untuk menentukan jumlah kuman dalam cairan tersebut.
5. Radiometri  dengan glukosa C14
 pada perbenihan gizi dasar yang berisi berbagai antibiotika, maka kepekaan antibiotika dapat diketahui dalam waktu 3 jam saja dan jenis antibiotika yang dianjurkan untuk pengobatan segera diketahui.